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RNA提取是玄學(xué)?要觀方位?還要擇吉時?NO NO NO!GenStar有話說

作者:康潤生物
發(fā)布時間:2021-10-09
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師妹每次提RNA都要整理儀容儀表

實驗臺也是上上下下打掃的非常亮堂

最后再雙手合十,嘴里不知道念叨著什么

這才能開始提取RNA!



這一通騷操作

秀的小編我要拜她為玄學(xué)師父了

哈哈哈~

當然,如果能得到理想RNA,

那我相信各位小主也要拜她為師了!


畢竟對很多同學(xué)來說

提取RNA簡直就是噩夢般的存在

我們來嘮一嘮

如何提取高品質(zhì)的RNA


首先,如何確定RNA質(zhì)量呢?

常用的方法有UV光譜分析、熒光染料、Agilent 2100 Bioanalyzer?、瓊脂糖凝膠電泳等。這里小編重點介紹UV光譜分析和瓊脂糖凝膠電泳法。

UV光譜分析

  • A260nm是核酸最高吸收峰的吸收波長,如DNA、RNA、引物等。

  • A280nm是蛋白質(zhì)、酚類最高吸收峰的吸收波長。

  • A230nm是碳水化合物最高吸收峰的吸收波長,如多肽、苯酚等。


通過檢測260nm/280nm、260nm/230nm OD值的比值,評估RNA純度:
  • A260/A280的比值在1.8-2.2,說明RNA純度較好。

    若比值<1.8,說明提取的RNA中存在蛋白質(zhì)、酚類等污染;

    若比值>2.2,說明提取的RNA已被DNA污染或者RNA已降解。

  • A260/A230的比值在1.8-2.0,說明RNA純度較好。

    若比值小,說明提取的RNA中可能存在糖類、鹽或有機溶劑。


瓊脂糖凝膠電泳

對于真核生物來說,完整的RNA有3個條帶:28S條帶最亮,其次是18S條帶,5S條帶最淡(有些試劑盒提取RNA的過程會將5S條帶過濾掉)。通過瓊脂糖凝膠電泳檢測28S、18S的條帶亮度比值評估RNA的純度和完整性。



  • 若28S和18S條帶清晰、明亮、銳利,且28S條帶亮度約為18S的1.5-2.5倍,則說明RNA質(zhì)量較好。

  • 若RNA條帶不亮或缺失,可能與上樣量不足、RNA在凝膠中發(fā)生擴散或降解等因素有關(guān)。

  • 若條帶彌散,可能原因有RNA已降解、電泳時電壓或電流過大、上樣量過高或過低等。

  • 若條帶大小超過28S,說明可能存在基因組DNA污染,建議使用DNaseⅠ處理。


接下來,當然是提取高品質(zhì)的RNA!

正確儲存樣品

采集組織及細胞之后,應(yīng)立即滅活內(nèi)源性RNase,以防RNA降解。小編與大家分享了3種方法。

  1. 樣品加入裂解液(如胍鹽)后,立即徹底勻漿。
    注:加入裂解液之前必須確保樣品處于冷凍狀態(tài)。

  2. 使用液氮快速冷凍樣品后再置于-80℃保存。必須保證組織塊足夠小,才能使其浸入液氮的瞬間就能凍結(jié),以確保RNase瞬間失活。

    注:待提取樣品應(yīng)避免反復(fù)凍融。為了確保RNA的提取質(zhì)量,請盡量使用新鮮樣品。

  3. 將樣品充分浸泡在RNA穩(wěn)定劑中。它是一種無毒、水相收集試劑,可穩(wěn)定并保護完整、未冷凍的組織和細胞樣品中的RNA。
    注:組織樣品切片一定要薄(<0.5 cm),以便在RNase破壞RNA之前穩(wěn)定劑迅速滲透組織。


RNA提取純化前的準備工作

  • 所有物體表面(如實驗儀器、工作臺面)可用去RNase污染的溶液擦拭。

  • 建議設(shè)立RNA抽提專區(qū),實驗用的器具亦可專用。

  • 使用的玻璃器皿可進行150℃干熱滅菌4小時的處理。

  • 塑料器皿可用0.1% DEPC(焦碳酸二乙酯)水溶液在室溫或37℃處理12小時,然后再高溫高壓滅菌以除去殘留的DEPC,或者在0.5 M NaOH中浸泡10 min,然后用水徹底清洗再滅菌烘干,即可去除RNase。

  • 采用無菌操作規(guī)程,注意經(jīng)常更換新手套,以避免RNase污染。


選擇合適的RNA提取純化方法

(1)溶液法

又稱異硫氰酸胍/苯酚法、TRIzol法。異硫氰酸胍不僅僅是一種強蛋白變性劑,而且也是很強的RNase抑制劑。苯酚的主要作用是裂解細胞,使細胞中蛋白質(zhì)、核酸物質(zhì)解聚,從而釋放核酸。這種方法簡便快捷,適用于動植物細胞、組織、酵母細胞、細菌等多種樣品的總RNA提取。


(2)離心柱法

離心柱的材料通常是玻璃纖維、硅衍生物或者離子交換膜,可以在特定適宜的條件下特異、可逆地結(jié)合RNA。操作過程更加方便快捷,且提取的RNA純度較高,可是存在著有物種特異性、價位較高等不足。


提取過程中需要注意

(1)徹底勻漿樣品

細胞或組織的充分勻漿能夠減少RNA的損失和降解。大部分培養(yǎng)細胞加入細胞裂解液后,使用吸管或加樣器吹打等較溫和的方式勻漿。而組織樣本、酵母以及細菌通常使用更加劇烈的方式,例如細菌就需要用酶消化其細胞壁,從而保證細胞充分裂解和RNA的提取得率。


(2)RNA的正確沉淀

一般情況下,可使用異丙醇來沉淀RNA。也有使用共沉淀劑(如Glycogen、Linear Acrylamide)來輔助進行RNA沉淀的特殊情況,以滿足一些下游應(yīng)用的需要。注意沉淀后應(yīng)避免過于干燥,以防RNA沉淀難以重新溶解。


(3)RNA的重懸

許多RNA提取步驟的最后一步操作就是溶解純化的RNA沉淀,通常使用DEPC處理水進行重懸溶解即可,也有使用特殊的重懸溶液的情況。理想的重懸溶液應(yīng)該滿足三點要求:無RNase污染、較低的pH值(pH 6-7)、含有螯合劑,以保護RNA不被帶入的RNase降解。為了幫助溶解,RNA沉淀置于重懸溶液后可在50 ~ 60℃溫度下孵育5 min,并不時輕搖以加速溶解。


(4)RNA的保存

重懸的RNA若需短期保存,可置于-20℃。或者將其適量分裝后置于-65 ~ -80℃長期保存,避免反復(fù)凍融。值得注意的是RNA的半衰期比較短、易降解,建議抽提后盡快進行后續(xù)實驗。


重點來啦!總RNA提取需要一款優(yōu)秀的試劑

GenStar明星產(chǎn)品推薦:TRIGene總RNA提取試劑(Cat# P118)
  • 通用性強:適用于動植物細胞、組織、酵母細胞、細菌等多種樣品的總RNA提取。

  • 一劑多用:同一樣本可提取總RNA、DNA和蛋白質(zhì)。

  • 提取率高:每1×106培養(yǎng)細胞可提取約10 μg總RNA。

  • 性價比高:貼心的價格,高品質(zhì)的結(jié)果。


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